יחסו של הרב עובדיה זצ"ל למדינת ישראל הוא נושא מורכב. מצד אחד גילה הרב יחס אוהד למדינה, ראשיה ומוסדתיה. מאידך גיסא, הוא לא היסס לתקוף במילים חריפות מאד את ראשי המדינה וסמלי החילוניות. לעיתים הצטייר הרב בתור לוחם קנאי, ולעיתים במתינות מכילה. הרב בנימין לאו סבור שהבנת העניין טמונה בחקר גישתו ההלכתית של הרב:
הרב עובדיה מצליח להביך את כל מי שמנסה להגדיר את יחסו למדינת ישראל, לציונות ולציונים. נרי הורוביץ קבע באחד ממאמריו ש"בחינת עמדותיו של הרב עובדיה ביחס לציונות הן נושא סבוך המחייב מחקר בפני עצמו בפרק זה ננסה להתמודד עם האתגר…
[בדרשה שנשא לפני חזרתו לארץ] מבטא הרב עובדיה את עמדתו האמביוולנטית ביחס לציונות, ואף
ביחס לארץ-ישראל. עמדה זו תלווה אותו, כפי שנראה, עוד שנים רבות (כמו רבים מאנשי החוגים החרדים המתונים). חשוב להעיר שהחילוניות האידיאולוגית לא היתה משמעותית כלל לקהל שומעיו במצרים. הרבה עוברי עבירה היו שם, אך רובם ככולם היו "אוכלינבלותלתאבון"… לעומתם, החילוניות הישראלית התאפיינה – לפחות על-פי דברי הרב עובדיה – ב"אוכלי נבלות להכעיס"… במצב חברתי זה, הירהר הרב עובדיה בקול, שמא מוטב להישאר בגולה – מחשש התחברות לחילוניות ולנושאיה. המלצתו היתה שבכל מקרה של ספק, טוב יותר לנקוט בשיטה של "שב ואל תעשה", היינו להימנע מהעלייה לארץ. בסיום דבריו הוא חזר על הכמיהה לעלות לארץ, אך גם על התנאי, שיש להישמר מכל קשר עם החילונים האידיאולוגיים. אפילו התחברות שמטרתה לשם שמים, להחזירם בתשובה, אינה
כדאית…
נראה שהמאפיין המרכזי של הרב עובדיה ביחסו למדינת ישראל ולמוסדותיה, הוא גישה פרגמטית חפה מכל דיון תיאולוגי. הוא מצוי היטב בתוך עמו, משיב על שאלות של יום-יום, ואינו נמשך לעסוק בשאלות של הגות. בבסיסו הוא נטוע בבית-המדרש החרדי שבו גדל, אך שורשיו יונקים גם מהסביבה הישראלית החדשה, והוא מכיר את ההוויה הישראלית, על מורכבות זהותה. הוא משתדל להשתחרר מהגדרות אידיאולוגיות ביחס לחילונים, על-ידי אימוצם אל חיק ה"מסורתיות". אולם במקום שהרב עובדיה נפגש עם החילוניות האידיאולוגית, שם הוא מקשיח את עמדותיו וקורא עליה מלחמה…
