כאשר עלה משה להר לקבל את לוחות הברית, נצטווה "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם". מעבר למשמעות המעשית הפשוטה של ציווי על בנין המשכן, יש כאן אמירה כללית, שמטרת ישראל, מטרת התורה, היא ליצור מקדש לה' שבו תשכון שכינתו.
המשכן הוא הביטוי הממשי של שכינה זו: במשכן ניכרת ומתגלה שכינת ה' דרך מקום בעולם. אולם, הרעיון של "ועשו לי מקדש" אינו מצטמצם לבניית משכן. הציוו של "קדושים תהיו" הוא ביטוי נוסף לרעיון "ועשו לי מקדש". על ידי שמירת התורה האדם יוצר מקום להשראת השכינה. באופן רחב יותר, עם ישראל, שהוא "ממלכת כהנים וגוי קדוש" יוצרים מקדש להשראת שכינת ה', בכך שהם מקיימים את מצוותיו. כאשר ישראל הולכים לפי הוראת ה', הרי ששמו נקרא עליהם ובכך מתגלית שכינתו בעולם. אמנם, כאשר ישראל אינם מקיימים רצונו חלילה, שכינתו של הקב"ה מסתלקת – הנהגתו אינה נוכחת בעולם. ואדרבא, יש בחינה של חילול שם קדשו "באמר להם עם ה' אלה ומארצו יצאו" (יחזקאל לו, כ).
טיב הקשר בין המשכן לבין קיום המצוות מתברר מתוך פרשתנו. עוד לפני שמשה עלה להר הוא מלמד את ישראל את מצוות ה': "ויבא משה ויספר לעם את כל דברי ה' ואת כל המשפטים", והם מקבלים אותם על עצמם: "ויען כל העם קול אחד ויאמרו כל הדברים אשר דבר ה' נעשה". לאחר מכן, משה כותב את דברים אלו על ספר, וכורת ברית בינם לבין הקב"ה על קיומם: "ויקח ספר הברית ויקרא באזני העם ויאמרו כל אשר דבר ה' נעשה ונשמע. ויקח משה את הדם ויזרק על העם ויאמר הנה דם הברית אשר כרת ה' עמכם על כל הדברים האלה"
רק לאחר כריתת הברית עולה משה להר. הסיבה הראשונה שהוא עולה למענה היא קבלת לוחות הברית: "ויאמר ה' אל משה עלה אלי ההרה והיה שם ואתנה לך את לחת האבן והתורה והמצוה אשר כתבתי להורתם". כלומר, לאחר כריתת הברית, הקב"ה מביא לו את הלוחות שעליהן תנאי החוזה. אלא שבנוסף, הקב"ה מלמד אותו בהר על תבנית המשכן: "וראה ועשה בתבניתם אשר אתה מראה בהר".
נראה אפוא שיש יחס בין לוחות האבן לבין המשכן: לוחות הברית מסכמים את יסודות ההתחייבות מצד ישראל, והמשכן מפרט את ההתחייבות מצד הקב"ה. באמצעות המשכן, הקב"ה מראה שהוא מקיים את חלקו בברית, החלק של "והייתם לי סגולה מכל העמים", בכך שהוא שוכן בתוך ישראל.
כך שבנין הבית על ידי ישראל מורה על רצונם שבאמת ישכון בתוכם, אך רצון זה בלא קיום הברית חסר משמעות. שאם לא יעשו ישראל את עצמם מקדש, לא תשכון שכינתו בתוכם. ולכן, לוחות הברית, שמבטאים את צד ההתחייבות של ישראל, נמצאים בלב לבו של הבית, שמבטא את צדו של הקב"ה בקיום הברית.
רעיון זה חוזר ונשנה בנביאים, בתוכחתם על כך שישראל מנסים להיאחז בבית המקדש, בזמן שהם אינם שומעים בקול ה':
"ויאמר אלי בן אדם את מקום כסאי ואת מקום כפות רגלי אשר אשכן שם בתוך בני ישראל לעולם ולא יטמאו עוד בית ישראל שם קדשי המה ומלכיהם בזנותם ובפגרי מלכיהם במותם. בתתם ספם את ספי ומזוזתם אצל מזוזתי והקיר ביני וביניהם וטמאו את שם קדשי בתועבותם אשר עשו ואכל אתם באפי. עתה ירחקו את זנותם ופגרי מלכיהם ממני ושכנתי בתוכם לעולם. אתה בן אדם הגד את בית ישראל את הבית ויכלמו מעונותיהם ומדדו את תכנית" (יחזקאל מג).
וכעין זה גם במילים המפורסמות בסיומו של ספר ישעיהו:
"כה אמר ה' השמים כסאי והארץ הדם רגלי אי זה בית אשר תבנו לי ואי זה מקום מנוחתי. ואת כל אלה ידי עשתה ויהיו כל אלה נאם ה' ואל זה אביט אל עני ונכה רוח וחרד על דברי" (ישעיהו סו).
